L’association s’organise autour d’un comité de 5 personnes bénévoles en charge de la ligne stratégique et artistique générale. Elles ont aussi la responsabilité globale des finances et des ressources humaines. Le comité fait le lien avec les subventionneur·euse·x·s et les représentant·e·x·s des autorités locales et régionales. Il est élu par les membre·x·s de l’Assemblée Générale qui se réunit annuellement et représente l’organe décisionnel premier de l’association.
Pour gérer le fonctionnement opérationnel de la salle, Fri-Son emploie 12 salarié·e·x·s fixes au sein de son bureau permanent. Iels sont chargé·e·x·s de l’administration, les ressources humaines, la programmation, la production, la technique, la communication, la comptabilité, l’intendance et l’exploitation générale des événements. Le bureau est piloté par la·le Secrétaire Général·e qui supervise et coordonne les différents secteurs et fait le lien avec le comité. L’association emploie également 150 collaborateur·trice·x·s auxiliaires qui œuvrent au bon déroulement des événements dans des domaines aussi variés que le bar, la décoration, l’accueil des artistes et du public, ou encore la sécurité. Une partie de ces collaborateur·trice·x·s offrent leur temps de manière bénévole. Toutes ces personnes font partie de la communauté Fri-son et partagent ses valeurs.